Высшим органом управления банком является общее собрание акционеров Или участников. Оно созывается ежегодно для решения накопившихся вопросов.
Совет директоров или наблюдательный совет осуществляет общее руководство деятельностью банка, выполняет поручения совета банка и собрания акционеров, несет ответственность за результаты работы банка.

Совет директоров определяет приоритетные направления в деятельности банка, его кредитную, инвестиционную, валютную политику. Совет директоров рекомендует размеры дивидендов, использование резервного фонда, создание филиалов и представительств, утверждает заключение крупных сделок, выдачу крупных кредитов и т.п.

При числе акционеров более 1000 в совет директоров должно войти не менее 7 человек; более 10 000 — не менее 9 человек. Работу совета директоров возглавляет председатель совета.

Совет директоров принимает решение о структуре банка, утверждает отчеты структурных подразделений. Организационная структура банка предопределяется его функциями: кредитованием, инвестированием, доверительными операциями, международными расчетами, приемом и обслуживанием вкладов.

Текущей деятельностью банка руководит либо единоличный исполнительный орган (директор, генеральный директор), либо единоличный и коллегиальный исполнительный орган (правление банка, дирекция). В последнем случае директор банка осуществляет также функции председателя правления банка. К компетенции исполнительного органа относятся все вопросы руководства текущей деятельностью банка (кроме тех, которые по уставу решает общее собрание).

Количество отделов в банке зависит от величины банка и характера его деятельности, сложности и разнообразия банковских услуг, предоставляемых клиентам.
Для контроля за хозяйственно-финансовой деятельностью банка на общем собрании акционеров избирают ревизионную комиссию или ревизора. Ревизионная комиссия проверяет результаты деятельности банка за год и за другое время как по собственной инициативе, так и по решению общего собрания акционеров, правления банка. Общее собрание акционеров банка утверждает аудитора банка и размеры оплаты его услуг.

В соответствии с законом банковские операции могут производиться только на основании лицензии, выданной ЦБ РФ. Постоянный надзор за деятельностью коммерческих банков со стороны ЦБ осуществляется через систему экономических нормативов и других пруденциальных норм, которые должны соблюдать банки. Нарушение нормативов может привести к отзыву ЦБ РФ ранее выданной лицензии.